Als eingetragener Verein verfolgt die Leibniz-Gemeinschaft ausschließlich gemeinnützige Zwecke: die Förderung von Wissenschaft und Forschung in ihren Mitgliedseinrichtungen unter Wahrung der wissenschaftlichen, rechtlichen und wirtschaftlichen Selbstständigkeit dieser Einrichtungen.
Die Einrichtungen der Leibniz-Gemeinschaft kooperieren intensiv untereinander sowie auf nationaler und internationaler Ebene mit Hochschulen, Instituten anderer Forschungsorganisationen, Wirtschaftsunternehmen, staatlichen Institutionen und gesellschaftlichen Organisationen.
Um gemeinsame Interessen zu vertreten, haben sich die Einrichtungen in der „Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried Wilhelm Leibniz e.V.“ zusammengeschlossen. Die Leibniz-Gemeinschaft hat verschiedene intern und extern besetzte Entscheidungs- und Beratungsgremien. Die Geschäftsstelle und das Referat Evaluierung unterstützen diese Gremien innerhalb ihrer jeweiligen Zuständigkeit.