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Analytische Biochemie

AutorFrank F. Bier, Frieder W. Scheller, Reinhard Renneberg, Ulla Wollenberger
VerlagWiley-VCH
Erscheinungsjahr2012
Seitenanzahl238 Seiten
ISBN9783527663620
FormatePUB
KopierschutzDRM
GerätePC/MAC/eReader/Tablet
Preis55,99 EUR
Zur Lösung analytischer Fragestellungen wird in der Biotechnologie, der Lebensmittel- und Umweltanalytik sowie der klinischen und pharmazeutischen Chemie neben der instrumentellen Analytik immer häufiger auf bioanalytische Methoden zurückgegriffen. Diese beruhen z. B. auf dem Einsatz von Enzymen, Nukleinsäuren oder Antikörpern. Dazu bietet das Buch eine praktische Einführung in die qualitative und quantitative Analytik mit biochemischen Reagenzien, die sowohl für das Studium wie für die Weiterbildung im Beruf geeignet ist. Die Autoren schlagen eine Brücke von den theoretischen Grundlagen hin zu den praktischen Anwendungen. Dem vertieften Verständnis dient die Beschreibung erprobter Praktikumsversuche.
Die Autoren gehören zu einer der weltweit führenden Forschungsgruppen auf diesem Gebiet, lassen aber auch ihre langjährige Lehrerfahrung in dieses neue Buch einfließen.

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Leseprobe

2


Methoden der Analytik mit Enzymen


2.1 Grundlagen


Enzyme nehmen einen bedeutenden Platz in der analytischen Biochemie ein. Man kennt gegenwärtig mehr als 2500 Enzyme, von denen allerdings nur eine verhältnismäßig kleine Zahl analytisch genutzt wird.

Dabei können sie analytisches Werkzeug oder selbst analytischer Parameter sein. So dient in der medizinischen Diagnostik die Bestimmung von Enzymaktivitäten in biologischen Materialien der Charakterisierung metabolischer Prozesse und der Erkennung bestimmter Erkrankungen (Organschädigungen, die zur Freisetzung von Enzymen führen). Da das Enzymmuster (Art und Menge der in einer Zelle enthaltenen Enzyme) vom organspezifischen Metabolismus bestimmt wird, können anhand der in einer Zellart vorhandenen Enzyme Aussagen über einen normalen oder pathologisch veränderten Zellstoffwechsel getroffen werden. In der Lebensmittelindustrie sind Enzymbestimmungen Bestandteil der Qualitätskontrolle; sie können beispielsweise Auskunft über die Effektivität von Sterilisierung bzw. Pasteurisierung oder über Verunreinigungen geben. In der Biotechnologie werden Enzymbestimmungen zur Kontrolle von Fermentationsprozessen herangezogen. Bei Immunotestverfahren und anderen Affinitätstests werden Enzyme zur Markierung verwendet.

Als Biokatalysatoren sind sie wertvolle analytische Werkzeuge für sensitive und spezifische Bestimmungsmethoden einer großen Zahl von Zielsubstanzen. Die in den letzten Jahrzehnten verfeinerten Verfahren zur Isolierung, Reinigung und Optimierung von Enzymen haben entscheidend zur großen Verbreitung enzymatischer Analysenverfahren beigetragen.

2.1.1 Nomenklatur und Klassifizierung der Enzyme


Ein Enzym kann mit einem systematischen Namen, einem Trivialnamen oder einer Codenummer bezeichnet werden. Der systematische Name eines Enzyms wird aus dem umgesetzten Reaktionspartner und dem Reaktionstyp abgeleitet. Nach Empfehlungen der International Union of Pure and Applied Chemistry (IU-PAC) und der International Union of Biochemistry (1973) wurde eine Enzymklassifikation (Enzyme Classification) geschaffen, die Informationen zur katalysierten Reaktion verschlüsselt. Hier wird jedem Enzym eine aus vier Zahlen bestehende (EC-)Nummer zugewiesen. Diese ergibt sich aus der Zuordnung des Enzyms zu Hauptklassen, Unter- und Subunterklassen und einer speziellen Enzymnummer. Die Zuordnung der Enzyme zu einer der sechs Hauptklassen erfolgt nach der von ihnen katalysierten Reaktion, die Zuordnung zu den Unterklassen nach den umgesetzten Substanzgruppen, während die Subuntergruppierungsnummer Informationen zu spezifischen Substraten oder Coenzymen enthält. Aus praktischen Gründen wird im Allgemeinen nach der Angabe der EC-Nummer eines Enzyms der Trivialname benutzt.

Die sechs Hauptklassen sind:

  • Oxidoreduktasen
  • Transferasen
  • Hydrolasen
  • Lyasen
  • Isomerasen
  • Ligasen.

Nur einige von ihnen werden gegenwärtig für analytische Zwecke genutzt. Nachfolgend sind einige wichtige Reaktionen dargestellt.

1. Hauptklasse
Oxidoreduktasen katalysieren Oxidations- und Reduktionsreaktionen durch Übertragung von Wasserstoff, Sauerstoff und/oder Elektronen.

Von analytischem Wert sind vor allem:

1) Dehydrogenasen, gekennzeichnet durch Wasserstoffübertragung vom Substrat S auf den Akzeptor A, wobei dieser kein molekularer Sauerstoff ist, oder die umgekehrte Reaktion

Beispiel:

Lactatdehydrogenase (EC 1.1.1.27)
L-Lactat + NAD+→Pyruvat + NADH + H+
2) Oxidasen, gekennzeichnet durch Wasserstoffübertragung vom Substrat S auf molekularen Sauerstoff

oder

Beispiel:

Glucoseoxidase (EC 1.1.3.4)
β-D-Glucose + O2 → Gluconolacton + H2O2
3) Peroxidasen,gekennzeichnet durch die Oxidation eines Substrats S mithilfe von Wasserstoffperoxid

oder

Beispiel:

Meerrettichperoxidase (EC 1.11.1.7)
p-Hydrochinon + H2O2 → p-Benzochinon + 2 H2O
4) Oxygenasen, gekennzeichnet durch die Oxidation eines Substrats S mit molekularem Sauerstoff unter Einbeziehung eines Wasserstoffdonators D, der auch das Substrat selbst sein kann

Beispiel:

Lactat-2-monooxygenase (EC 1.13.12.4)
L-Lactat + O2 → Acetat + CO2 + H2O
2. Hauptklasse
Transferasen übertragen funktionelle Gruppen, wie Ketogruppen, Glykosylreste, Acylreste, Aminogruppen, Phosphat und schwefelhaltige Gruppen von einem Donator BX auf einen geeigneten Akzeptor A. Zu ihnen gehören Transaminasen, Transketolasen, Transaldolasen und Transmethylasen sowie Kinasen.

Beispiel:

Hexokinase (EC 2.7.1.1)
D-Hexose + ATP → D-Hexose-6-phosphat + ADP
3. Hauptklasse
Hydrolasen katalysieren Hydrolysen oder Fragmentkondensationen. Hierzu gehören unter anderem Peptidasen, Esterasen, Glykosidasen und Phosphatasen.

Beispiel:

Alkalische Phosphatase (EC 3.1.3.1)
Orthophosphatmonoester + H2O → Alkohol + Orthophosphat
4. Hauptklasse
Lyasen spalten von ihren Substraten auf nichthydrolytischem Weg Gruppen unter Ausbildung von Doppelbindungen ab bzw. addieren Gruppen an Doppelbindungen. Zu den Enzymen dieser Klasse gehören die Decarboxylasen.

Beispiel:

Oxalacetatdecarboxylase (EC 4.1.1.3)
Oxalacetat → Pyruvat + CO2
5. Hauptklasse
Isomerasen katalysieren intramolekulare Umlagerungen. Sie werden untergliedert in Racemasen, Epimerasen, Mutasen, cis-trans-Isomerasen u.a.

Beispiel:

Glucoseisomerase (EC 5.3.1.5)
D-Glucose → D-Fructose
6. Hauptklasse
Ligasen katalysieren die kovalente Verknüpfung zweier Moleküle durch Bildung von C–O, C–S, C–N, C–C und C-Phosphorsäureesterbindungen meist unter gleichzeitigem Verbrauch energiereicher Verbindungen wie ATP.

Beispiel:

Pyruvatcarboxylase (EC 6.4.1.1)

Die Klassifizierung soll anhand des Enzyms mit dem Trivialnamen Glucoseoxidase (GOD) erläutert werden:

EC-Nummer:EC 1.1.3.4
Hauptklasse:1Oxidoreduktase
Unterklasse:  1auf CH–OH-Gruppen wirkend
Subunterklasse:    3O2 als Akzeptor
Spezielles Enzym:       4β-D-Glucose-O2-Oxidoreduktase

2.1.2 Die Natur der Enzyme


2.1.2.1 Struktur und Zusammensetzung


Die meisten Enzyme sind Proteine. Ihre molare Masse kann ca. 104−2 × 105 Da betragen, der Durchmesser liegt über 2,5 nm.

Die katalytische Aktivität der Enzyme ist an eine präzise Konformation gebunden, die durch die Primärstruktur der Polypeptidkette(n), d.h. durch Anzahl und Sequenz der Aminosäurebausteine determiniert ist. Die Aminosäuren sind über Peptidbindungen miteinander linear verknüpft. Es handelt sich dabei um Carbonsäureamidbindungen zwischen der α-Aminogruppe einer Aminosäure und der Carboxylgruppe einer weiteren Aminosäure. Die Peptidbindung bildet jeweils eine Ebene in der Peptidkette. Teile der Peptidkette liegen durch Wasserstoffbrückenbindungen stabilisiert in α-helikaler oder β-Faltblattstruktur vor (Sekundärstruktur), wobei die Wasserstoffbrückenbindungen bei den helikalen Strukturen innerhalb einer Kette, bei den Faltblattstrukturen stets zwischen meist antiparallelen Ketten bestehen. Die meisten Enzyme sind globuläre Proteine, deren Tertiärstruktur dadurch entsteht, dass sich in wässrigem Milieu apolare und polare Aminosäureseitenketten zu hydrophoben bzw. hydrophilen Bereichen zusammenlagern, wobei im Allgemeinen apolare Reste vorwiegend im Inneren des Moleküls liegen, während die polaren Bereiche des Proteinmoleküls nach außen zeigen. Die Raumstruktur kann zusätzlich durch Disulfidbrücken stabilisiert sein (Abb.2.1). Eine große Zahl von Enzymen besteht aus mehreren (gleichartigen oder verschiedenen) Polypeptidketten (Untereinheiten). Diese lagern sich durch nichtkovalente (hydrophobe und ionische) Wechselwirkungen (manchmal auch durch kovalente, z. B. Disulfidbrückenbindungen) zu Enzymen in ihrer Quartärstruktur zusammen (Abb.2.2).

Abb.2.1 Die Tertiärstruktur der Peroxydase. Dargestellt ist das deglycosylierte Enzym aus Meerrettich (Gajhede et al. 1997).

Abb.2.2 Die Quartärstruktur der Glucoseoxidase aus Aspergillus niger, ein Homodimer (Hecht et al. 1993).

Trotz dieser stabilisierenden Einflüsse ist die Tertiärstruktur...

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